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四川大学华西第二医院源于1896年成立的仁济女医院。1987年原卫生部批准华西妇产科和儿科从原华西医科大学附属医院迁出单独建院，成立华西医科大学附属第二医院，又名华西妇产儿童医院。2001年医院更名为“四川大学华西第二医院/华西妇产儿童医院”，是国家卫生健康委员会预算管理的妇女儿童专科医院。
医院为国家儿童区域医疗中心（西南），也是国家区域医疗中心建设项目—四川大学华西第二医院天府医院/四川省儿童医院（眉山）和四川大学华西第二医院西藏医院/西藏自治区妇产儿童医院（拉萨）的输出单位，是集医疗、教学、科研、预防保健和人才培养为一体的大学附属医院。1993年获“爱婴医院”称号，1998年成为国家首批三级甲等妇产儿童专科医院。
医院目前有华西院区和锦江院区两个院区，核定床位1580张，有40个临床科室和7个医技科室，能为广大妇女儿童提供全专业、全生命周期的医疗健康服务。妇产科学和儿科学均为国家重点学科，妇科、产科、儿科（新生儿专业）、儿科（基于大数据的先天性心脏病产前产后一体化综合诊疗）、妇科（妇科恶性肿瘤多学科诊疗平台建设）、超声科、小儿呼吸免疫科、生殖医学科、小儿感染科、小儿神经科、儿童心血管科、肿瘤放化疗科为国家临床重点专科建设项目，医院为国家更年期保健、新生儿保健、孕产期保健和孕前保健特色专科建设单位。妇产科学、儿科学、母婴医学和应激生物学为博士学位授权点，妇产科学和儿科学为博士后流动站。
妇科恶性肿瘤诊治、小儿血液病及小儿肿瘤诊治、早产儿支气管肺发育不良防治体系的建设与完善为国家卫生健康委临床学科重点项目。
医院承担成都市、四川省乃至西南地区的妇女儿童危重疾病病人的救治、转诊、会诊等大量临床工作。